Muzeum Jana Pawła II znajduje się w pomieszczenia, gdzie w czasie uroczystości kanonizacyjnych w 1999 r. była zakrystia dla kardynałów i biskupów.
Na ścianach dominuje wystawa fotograficzna Sylwestra Adamczyka z Mszy Św. Kanonizacyjnej, która jest fragmentem jego albumu pt. „Ojciec Św. na Sądeckiej Ziemi” (Nowy Sącz 2000). Można również zobaczyć obrazy przedstawiające Ojca Świętego i św. Kingę jak i wyroby twórczości artystycznej.
Jednym z ciekawszych eksponatów jest prorocza płaskorzeźba Franciszka Palki z Paszyna k. Nowego Sącza zatytułowana: „Święci Diecezji Tarnowskiej”. Płaskorzeźba przedstawia Ojca Świętego w czasie podniesienia Eucharystii, przy czym hostia ma postać oblicza Pana Jezusa z łaskami słynącego obrazu „Przemienienie Pańskie” w nowosądeckiej bazylice pod wezwaniem Św. Małgorzaty. W tle nad postacią Ojca Świętego znajdują się 3 postacie (od lewej) Św. Kinga, Św. Stanisław – biskup Szczepanowski i Św. Świerad z Tropia. U dołu - biały orzeł, jako symbol ojczyzny wyzwalającej się z więzów niewoli.
Ciekawostka
Płaskorzeźbę nazywamy „proroczą” ponieważ artysta wyrzeźbił ją w 1979 r., a więc 20 lat przed wizytą Ojca Świętego w Starym Sączu, kiedyŚw. Kinga była Błogosławioną. W centrum ołtarza dla papieskiej celebry z okazji kanonizacji bł. Kingi umieszczono kopię obrazu „Przemienienie Pańskie”, i tak - mówiąc w przenośni - te postacie spotkały się tutaj razem 16.06.1999 r.
Pomiędzy gablotami znajdują się meble z Mszy św. kanonizacyjnej w Starym Sączu tzn. papieski tron kanonizacyjny, meble asysty i ambonka.
Ciekawostka
W czasie kanonizacji są używane dwa trony papieskie: jeden do liturgii, a drugi kanonizacyjny do odczytania dekretu kanonizacyjnego.
Eksponaty w Muzeum Jana Pawła II
Ekwipunek osobisty Ojca Świętego do turystyki pieszej to buty firmy Dolomite, sweter, plecak, czapka, rękawiczki i buty do codziennej porannej gimnastyki.
Pamiątkowe rzeczy to but podarowany Ojcu Św. w Elblągu w 1999 r. oraz piłka nożna podarowana przez Reprezentację Polski w latach osiemdziesiątych (ok. 1981/1982).
Drobne pamiątki z wizyt apostolskich: Karty wstępu do sektorów na Msze Św. z Ojcem Świętym, notatki prasowe, przypinki, plakietki, proporczyki, kartki okolicznościowe, znaczki pocztowe, kilka medali wybitych przy okazji kanonizacji różnych świętych, a szczególnie św. Kingi. Pamiątkowe kasety magnetofonowe z przemówieniami Ojca Świętego, płyty kompaktowe, kasety video.
Medale wybite z okazji pielgrzymek Apostolskich
Srebrne monety edycji watykańskiej wydawane z okazji ważnych wydarzeń w czasie pontyfikatu oraz kilka książek dotyczących życia Ojca Świętego, jak również katalogi z wystaw exlibrisów poświeconych Ojcu Świętemu zbieranych przez Józefa Tadeusza Czosnykę.
Świeczniki wyrzeźbione w bryłach solnych z kopalni soli w Bochni używane podczas Mszy Św. kanonizacyjnej w Starym Sączu.
Ornat z Mszy Św. kanonizacyjnej w Starym Sączu
Biała sutanna z pasem papieskim, buty, piuska, których Ojciec Święty używał przed rokiem 1999 r.
Jeden z najcenniejszych eksponatów - pierwsza piuska Ojca Świętego podpisana od spodu w dniu inauguracji pontyfikatu 22 października 1978.
Pamiątki, które Ojciec Święty otrzymał przy różnych okazjach: Kasetka na różańce z Indii, krzyż podarowany przez młodzież 1983 r. w czasie światowego Dnia Młodzieży w Austrii, pismo Św., które jeszcze jako kardynał otrzymał w 1976 r od kardynała Króla z Filadelfii, pocztówka, którą jako kardynał wysłał do Ś.p. ks. bp. Piotra Bednarczyka, różańce, które Ojciec Święty ofiaruje pielgrzymom na prywatnych audiencjach, jeden z czterech srebrnych świeczników jakie otrzymał w Brazylii, rytuał liturgiczny nabożeństw VII Pielgrzymki do Ojczyzny w 1999 r. i album „Ojciec Święty na Ziemi Sądeckiej” podpisany osobiście przez Ojca Świętego, jak również długopis z pierwszej pielgrzymki do Diecezji Tarnowskiej w 1987 r. którym podpisywał Kronikę chóru Pueri Cantores .
Narty papieskie.
Ciekawostka
Narty na których jeździł jako ksiądz zostały w Wadowicach – w domu rodzinnym zamienionym na muzeum, narty na których jeździł jako biskup krakowski i kardynał znajdują się w Krakowie, natomiast te na których jeździł jako papież z Watykanu trafiły do nas.
Kurtka puchowa w której jako ojciec św. był na Mount Blanc, buty narciarskie, kijki, rękawiczki oraz specjalnie dla niego wyprodukowana czapka.
Medale wybite z okazji Synodów Biskupów, kongresów eucharystycznych jak również pamiątki związane z osobami, które obsługiwały pielgrzymki Ojca Świętego – straż papieska, media. Bilety wstępu do pierwszych sektorów, pamiątkowe karty parkingowe, oraz drewniana kasetka kapelana Ojca Świętego ks. Dziwisza i osobisty ręcznik Ojca Świętego.